藏传佛教教派的形成和演变
西藏长期分散割据的形势，导致不同地区自立政权间的不断斗争，也促进了地区间的竞争和多方面开发。10世纪以来，农业有了较大的发展，手工业和商业开始兴起，特别是在河谷地带。阿里的定日、聂朗，后藏的拉孜、古尔莫等地，已形成商业市场；阿里的古松、北部的洛丁等地则开矿采金。社会财富有相当的积累。据统计，仅由藏赴印留学的150余僧人，即化费黄金11万余两。在这些经济区域，佛教势力与地方领主结合为一，形成了许多各自为政的政治文化中心。这是滋生佛教宗派的主要原因。在这个时期兴建的寺庙仅卫藏地区即有200余座，且多由地方封建领主把持。寺主与领主相兼，成为地方世俗势力与佛教势力结合的据点。例如赴多康学法的诸僧中鲁梅·粗赤喜饶回卫藏后当了噶琼寺的寺主，热西兄弟当了格杰南玛林寺寺主，章·意希允丹当了康松桑康林寺寺主，巴·楚臣洛追兄弟当了桑耶寺寺主。后来鲁梅又进到拉萨纶区，在卫地上部的那摩修建了恰德乌寺。鲁梅的弟子向那囊多吉旺曲修建了杰鲁来庙，由此形成“向系 ”，翱绛曲琼乃修建叶尔巴哇让寺，形成“俄系”；兰耶歇喜饶修建加赛岗寺，形成“兰系”；主梅粗赤琼乃修建塘波且寺，形成“唐系”。此四系总称“鲁梅部 ”。
与此同时，赴多康学法的卫地僧人中，巴·楚臣洛追，在彭波修建南巴吉布寺，形成“巴部”：热西·楚臣旺秋在墨竹修建昌沃寺，形成“热部”；章·意希允丹在彭波修建恩兰吉莫寺，形成“章部”。这样，鲁梅、巴、热、章四部逐渐在拉萨地区发展起来，成为藏传佛教的骨干力量。当然，类似情况在其它地区也存在。
多财富和多职能寺庙的建立和稳定发展，特殊地增强了师徒间的传承关系，有些寺庙，甚至只在自己家族内授受继承。甲律师（1091—1166）在须浦地方建立了一个以讲授戒律为主的寺庙，他死后，其侄子饶却旺继任该寺堪布，此后，饶却旺家族便世代统治着须浦地方。由于一些本来就是具有特权的吐蕃贵族后裔，出家后取得寺院的主持权，更加保证了本家族在该地区的统治地位，如萨迦昆族、帕主郎族等。这些因素很容易造成带有宗法性质的宗派观念。
当时传入西藏地区的印度佛教，显密均有，流派很多，他们各有传承，自立门户，逐渐形成自己特有的教理和修持方法，这也是促进西藏佛教宗派观念强烈的重要原因。
总之，西藏佛教特殊强烈的宗派观念，来源于各地寺院在政治、经济利益上的矛盾和教义修持上的差别。它的进一步发展，就是全面对抗，以至发生军事冲突。据藏文史籍记载，从11世纪中叶至12世纪初，前述鲁梅、巴、热、章四部之间就多次有过战争。1106年，鲁梅部与巴、热两部在桑耶交战，桑耶寺被焚毁，后经惹译师多吉扎修复。1160年，四部又在拉萨、雅隆、彭波等地混战，大昭、小昭、昌珠等寺部分遭到破毁。大小昭寺后经修复，另由当时经济、军事实力最强的佛教首领贡塘喇嘛尚照管。这样的争斗在其它地区寺院间也屡有发生。西藏的诸大教派就是在这种情况下逐步形成的。
11到12世纪由“三素尔”创建了“宁玛派”。1057年，阿底峡弟子仲敦巴建热振寺作为据点，形成噶当派。此后 16年，即1073年，昆·贡却杰布建萨迦寺，萨迦教派诞生。11世纪中叶，玛尔巴、米拉日巴建噶举派，之后噶举派繁衍出四派，其中帕竹一派又分出八个支派，总称为“四大八小”。到12世纪，教派竞立，达到历史上最高潮。
这些教派都是把兴建的寺院，作为扩大势力范围的据点，从而左右本地局面。最初建立的寺院称为母寺，后随地盘扩大而兴建的，称作子寺。这种情况延续13世纪中叶，蒙古阔端派军进藏以后，才有新的变化。
【转载】 一、宁玛派
宁玛派是藏传佛教史上最悠久的一个教派。“宁玛”的字义是古和旧。因为他们的教法自称是从8世纪进藏的莲华生、无垢友等传下来的，起源最古；还以传播弘扬吐蕃期所译旧密咒为主，故谓之“旧”。宁玛派就是由标榜“古旧”密教而得名。
此派寺庙垣墙涂以红色，僧人戴红帽，穿红袈裟，又俗称“红教”。
密教在西藏的发展有两个系统。其一是由吐蕃王朝赞普支持，限制在上层统治集团和某些寺院中流行，典籍的翻译和传播严格控制，一些密法则秘密传授，禁止公开宣扬。另一个系统，是深入民间，同苯教的巫术和传统的医术紧密结合，在广大的下层民众中秘密流通。9世纪达磨灭佛时，前一系统受到打击，但散在民间的，不但延续了下来，而且有了更大的发展。在民众中传播密教的人，仅掌握旧派密法中的若干法门，既没有系统的密教教义和教法体系，也没有寺庙和僧伽组织。他们以家庭为本位，父子、兄弟、叔侄相传，具有极其狭隘的宗法性和苯教色彩。到11世纪，素尔家族的三个成员先后建立寺庙，整理教法，组织一定规模的宗教活动，收徒传法，史称“三素尔”。一般认为，他们就是宁玛派的始建人。
素尔波且（1002—1062）本名释迦迥乃，因首创乌巴垅寺，又称乌巴垅巴。他曾随许多旧派密咒法师学习，并开始整理本宗典籍，确定一些根本怛特罗，加以注释，阐明它们的成就法和仪轨等，使之系统化。他的弟子很多，经常修定的有108人。素尔波且曾向卓弥译师献黄金百两，以学“道果法”， 还和显宗法师、苯教教徒共建一座寺庙，说明他和苯教及佛教的其它教派取合作态度。他是梵行者，一生没有娶妻。
素尔穹·喜饶扎巴（1014—1074），又称拉结钦波（意为大医师）。本是行乞僧人素尔贡之子，素尔波且收为养子，人称素尔穹（意为小素尔）。他受命讲经，主讲宁玛派的重要经典《集密意经》，听众达300人。他学到了素尔波且的全部密法，并接替了乌巴垅寺主职位。此后，他又去甲卧地方修法13年，据说证得“一切事物皆金刚萨埵性”，达到宁玛派独有的“大圆满”境界，故又号“甲卧巴”。他曾谒见桂·枯巴拉哉译师，从学《喜金刚经》。桂·枯巴拉哉人称桂大译师，阿底峡弟子，最初从学卓弥译师，后三赴印度，长期依止静贤译师，学集密龙猛派教法，翻译有《胜乐金刚空行续》、《四座续》、《摩诃摩耶续》、《欢喜金刚续》等，主要弘传龙猛派集密教授。喜金刚又称欢喜金刚、饮血金刚，藏名“杰巴多吉”，是藏传密教五大金刚之一。修以五大金刚为本尊的蜜法，称作“五部无上金刚大法”；《喜金则经》就是阐述修习欢喜金刚法的本尊、坛城（曼陀罗）、灌顶、仪轨等方面的经典。
素尔穹的弟子很多，著名的也有“四柱八梁”之称。他的家庭在一般佛教徒中是最富有的，他的三个儿子、数个女儿修习宁玛教法都很有成就。
濯浦巴（1074—1134），本名释迦僧格（释迦狮子），又称拉结钦波濯浦巴（意为濯浦巴大医师），因为他在濯浦地方建造了濯浦寺。他是素尔穹最小的儿子， 15岁开始学佛法。成年以后，由于需要照管日益增多的家产，无暇外出求学，就将其父的弟子，所谓“四柱”者请到家中，教他经、幻、心三部宁玛派密法的教授、仪轨、灌顶等，又向别人学到“大圆满法”，将宁玛派又推进了一步。他的弟子多达千余人，其中著名的有“四麦”、“四纳”、“四敦”等12人。弟子们又向四周分头布教。
素尔家族属于平民，但很富裕。他们依靠特殊的宗教职业积聚财富，并成为创立教派的领袖人物。“三素尔”活动于11世纪上半期到12世纪上半期，属于宁玛派的经典传承，即“噶玛”系统，所传内容主要是“幻变”和“集经”两部。
大约也在11世纪，宁玛派还出现了另一个代表人物——绒·却吉桑波，是后藏空绒地方人。他懂因明、吠陀和其它世典，译有密典，并作过注疏，亦有论著。他精通藏文文法，曾为念智称（即弥底）的《语言门论》作注，自己也写了几部文法书。他学识渊博，故有西藏班智达之称号。他也是宁玛派以经典传承（“噶玛”）为主的人，密法则以“心品”为中心，但特别带有土著的色彩，往往被认为不是印度传来的正统佛教，影响却很大。他的教法后来又分成三个系统：心部、自在部和教授部。这三个系统各有师承而又互相关联，其中教授部称为“大圆满法”，更是宁玛派特有的密法。
到14世纪，宁玛派出现了第五个代表人物——隆钦然绛巴（1308—1364），他本名智美斡色，12岁出家，先后修持各教派的密法，又在桑浦寺学习“慈氏五论”、“法称七因明论”等显教论著，终于成为显密兼通的名僧。他对宁玛派的密法加以修订，撰有相当多的著作，其代表作是《七宝藏论》，后来成为该派寺院的必读书。隆钦然绛巴曾到不丹传教，在那里修建了一座名叫塔尔巴林的寺院，成为不丹境内宁玛派的活动中心。此后，不丹又将宁玛派传到尼泊尔。不丹、尼泊尔的宁玛派僧人经常到四川德格县境宁玛派的佐钦寺学法。
宁玛派的特点是组织松散，教法不一。它的骨干有两类：一类是在家的咒师，藏族称为“阿巴”，他们人数很多，各有传承，专靠个人法术、咒术，分散在社会上活动，既不读佛书，也不重佛理，与苯教咒师相似，被一般民众视作真正的宁玛派人。另一类是出家僧侣，住在寺院，遵守戒律，有严密的教阶制度和寺院管理制度，相对注重经典和佛理。
宁玛派所奉经典也有两类：一类是8、9世纪以后，一直在民间传承下来的经典，即所谓“噶玛”。另一类叫做“伏藏”，即所谓“戴玛”。据说，这些“伏藏”原是莲华生等埋藏的经书，经后人发掘，得以流通，所以备受宁玛派的尊崇。对于这两类经典的真实性，其它教派表示怀疑，认为实是出自宁玛派教徒的伪造，这也是宁玛派长期被否认是佛教教派的重要原因。据说后来有人在古寺里发现了一些梵文写本，其中有宁玛派经典译本的原本，这才扫除了怀疑和反对意见。
事实上，宁玛派的教法和供奉的神祇，有不少是从苯教吸收来的，教义又有类似汉地佛教禅宗的内容，与印度佛教确有明显的差别。
宁玛派在建寺授徒，逐步组织起来的同时，也着手研习宗教理论，力图向经院化转变。他们规定，本派偕人应学的显宗经籍为13部，包括《现观庄严论》、《庄严经论》、《宝性论》、《辩法性论》、《辨中边论》等所谓“慈氏五论”，《根本般若论》、《宝鬘论》、《回诤论》、《七十空性伦》、《广破入微论》、《六十正理论》等所谓“龙树六论”，以及功德光著《戒律本论》、寂天著《入菩萨行论》。此外，《俱舍伦》为必修课，《因明》为选修课。对于这些经典，宁玛派有自己的解释，主要表现在隆钦然绛巴和戎松班智达所著的教程中。修习密法所依据的根本密典是18部怛特罗，即《大圆满菩提心遍作王》、《金刚庄严续教密意集》、《一切如来大密藏猛电轮续》、《一切如来遍集明经瑜伽成就续》、《胜密藏决定》、《释续幻网明镜》、《决定秘密真实性》、《圣方便绢索莲花曼》、《幻网天女续》、《秘密藏续》、《文殊轮秘密续》、《后续》、《胜马游戏续》、《大悲游戏续》、《甘露》、《空行母焰然续》、《猛咒集金刚根本续》、《世间供赞修行根本续》。
宁玛派受内地佛教判教方法的影响，作出本宗的判教，即按显密二教和佛三身之说，把一代佛法判为“九乘”，其中“声闻”、“独觉”、“菩萨”等三乘属于显教，是“化身佛”释迦牟尼所说，称为共三乘。事部（作密）、行部（行密）、瑜伽部（瑜伽密）等三乘属于密教，是“报身佛”金刚萨埵所说，称为密咒外三乘或外密乘；生起大瑜伽（大瑜伽密）、教敕阿鲁瑜伽（无比瑜伽密）、大圆满阿底瑜伽（无上瑜伽密）等三乘，称作无上内三乘或内密乘，是“法身佛”普贤所说。“九乘”中的前三乘，属显密二教所共奉，中间三乘为密教诸派所共行，最后三乘则是宁玛派所独有。在宁玛派独有的三乘中，三素尔的密法传承属第七“生起大瑜伽密”和第八“教敕阿鲁瑜伽密”；绒·却吉桑波所传一系，属第九“无上瑜伽密”。隆钦然绛巴特别提出了“大圆满法”（相当无上瑜伽密），被认为是更加完善了。从这个判教中，大致可以看出宁玛派同佛教其它显密诸宗的共性和本宗的个性，而无上瑜伽的“大圆满法”，被视作最高的密法，在宁玛派中尤居重要地位。
“大圆满法”又分为三部，即心部、陇部（又称自在部、界部）和教授部。其中心思想是教授部，以双身修法为手段，同时也包含后三乘的全部瑜伽密。它的理论基础与汉地佛教占统治地位的“真如缘起”说一致，认为人的心体是本净的，只是受到烦恼、尘垢的障蔽，才生起世俗世界的一切现象的。修习的目的，就在于保持“心体”本净的状态，即听其自然，任“心”随意而住。在修持中，要求摆脱各种迷惑（无明）和欲望（贪），以“心”之“空虚明净”，而领悟性空之理，使二者完全契合，这就是修持“大圆满法”的最高成就，也就是“即身成佛”。这类思想与禅宗的“见性成佛”、“直指人心”，等主张尤其接近。
宁玛派内部主要有三种传承：经典传承、埋藏（伏藏）传承、甚深净境传承。经典又分三种，即“幻变经”（相当于大瑜伽密）、“集经”（相当于无比瑜伽密）、“大圆满法”。
“埋藏传承”指由伏藏经典为依据的传承。从12到16 世纪，宁玛派出现了不少挖掘伏藏的法师，被称作“代敦”。
“伏藏”大致分为四种，即“上部伏藏”（“堆代”）、“下部伏藏”（“麦代”）“南藏”（“号代”）和“北藏”（“羌代”）。
“伏藏”是佛教在特殊困难条件下，保存经典、法器等的一种手段，与汉地的“末法”思想和预防“毁法”事件一样，并不是宁玛派一家独有。有些学者把从敦煌石窟中发现的古藏文文书等资料也视为“伏藏”。因此，在“伏藏”中确有不少有文献价值的史料。除早期佛教经典的梵文译本外，还保存有吐著时期的历史资料和传说，也有医学等书籍。西藏佛教僧人把伏藏典籍称作“代却”（藏法）、“秘籍”，并汇集成书，名为《藏宝总集》。但就专以“伏藏”传法的宁玛派而言，属于自我创造的当大大多于实际的发现，因而也最能反映此派的民族特色，这同汉地佛教以翻译名义自造经论的作法相似。
宁玛派在其形成的初期，虽也建了寺院，但为数极少，且不具规模。发展到16、17世纪，在前藏和康区，建起了几座有影响的寺院。这些寺院由于伏藏经典的传承不同，分为六个支系，各以主寺为系名。
噶陀寺（在四川白玉县境）：创建于12世纪，是宁玛派最早的寺院，由濯浦巴的再传弟子伽当·德谢喜巴（1127—？）所建。主要传授“南藏”，附带传授“三素尔”所传经典。该寺历代受德格土司的扶持，寺主采取”转世”形式世代相承，寺产富足，是藏传佛教中极有名望的寺院之一。
多吉札寺（在拉萨以南雅鲁藏布江北岸，全称“土登多吉札”寺）：系16世纪扎希道杰创建，是宁玛派在前藏的主要寺院。扎希道杰原是十三万户之一拉堆绎地方的统治者，在与辛厦巴·才旦多吉斗争中战败，便游方传教，集聚学徒组成“艾旺教团”。此寺主要弘传“北藏”，亦兼传“三素尔”经典。寺主亦以“转世”相承。
敏珠林寺（在山南扎囊县城，全称“乌坚敏珠”）林：
17世纪中叶由居美多吉建造，是宁玛派在山南的主要寺院。它以传授“南藏”为主，亦授“三素尔”经典。寺主取父子或翁婿相承方式。该寺受到原西藏地方政府（噶厦）的重视，噶厦所属僧官学校的校长（格根钦波），由该寺僧人中委派，已成惯例。
佐钦寺（在四川德格东北）：于1684年由德格土司阿旺扎西所建，是该派在四川藏区最著名的一座寺院。国内藏区及国外不丹、尼泊尔等的宁玛派僧人常来这里留学。此寺以前面提到的十三部经典为显宗必修科目，隆钦然绛巴和钦孜沃色的著作也要学习；密宗方面以“八大法行”（属大瑜伽）为必修，并实修“大圆满”等密法。寺主由转世法相继。该寺曾有百余座属寺，分布在四川甘孜、阿坝，青海王树等藏族自治州境内。
贝域寺（四川白玉县城附近）：大约建于17世纪，由仁僧衮桑喜饶创建。该寺同噶举派的帕竹、噶玛支系关系密切，其教法和帕竹噶举的玛仓支系教法揉合为一，历代转世的活佛都要到德格县的八蚌寺受戒。八蚌寺就是噶玛噶举的寺院。贝域寺也有过近百座属寺，分布于青海的果洛、西藏的江达和四川的甘孜、阿坝等地。
上述五座寺院多在四川德格土司的领地之内，受到历代土司的支持。
此外，18世纪中期，在佐钦寺以东还建有一座西钦寺，影响不大。另一座是8世纪赤松德赞时建的桑耶寺，早先传授旧派密法，后归宁玛派掌管。一次火灾之后，由萨迦派修复，寺权大部归萨迦派，只有“衮康”（护法神殿）仍属宁玛派。但此寺的宁玛派僧人颇受原噶厦政府的重视，凡遇重大政治事件或较大自然灾害，都要请他们的首领到拉萨去举行析祷仪式。
宁玛派的寺院组织同其它各派大同小异。其学经组织一般分设“三院”，即法相学院（岑尼扎仓）、密宗学院（举巴扎仓）、讲说院（协扎仓）。法相学院主要讲习显宗十三部及《俱舍论》、《因明》（选修），负责人称堪布，其下设有管理教学的若干执事僧人。学员称作“贝恰瓦”（学僧），他们学经需由自己别请经师。学僧每年有一次考试，按因明方式答辩。大约15年至20年左右，可以学完13部大论，经堪布考试，成绩优秀者授予“然绛巴”学位。密宗学院的负责人称“多吉洛本”（金刚教长），也有堪布。所循密典为18部怛特罗，所行主要是该派独有的八部密法。其教学和修习按宁玛“九乘”的次第进行，对每一密乘，均需通晓它的经咒、灌顶、曼陀罗、仪轨等系列。修完一乘密法后，再入修行院（主扎）静修3至5年。修密者必须事先发誓（当加），严格信守，包括未受灌顶及未得传承者不得翻阅密宗典籍，修持的详情细节不得外传等。考试由“赤本”（传授修行者）主持。在较具规模的寺院，尚设有讲说院，学僧称“柔乃巴”（明者），专门培养具有语言文字、文学、历算等知识的人才。
宁玛派始终没有形成领导全派的中心寺院，也就没有形成统一的、相对强大的寺院集团势力。
寺院供奉的神像种类繁多，不少是来自苯教。普遍供奉的有八部，是密法修习生起次第的八大法行（八部修法）中供奉的“本尊”（伊达木）。其中文殊、莲花、真实、甘露和金刚撅，分别代表佛的身、语、意、功德和事业，称为“出世五部”。行者在瑜伽修道中，需要想象自己的身、语、意、功德和事业与佛的完全相应，修哪一部，就用代表哪一部的本尊神像。此外，“差遣非人”、“猛咒咒诅”和“世间供讚”称作“世间三部”。他们原属苯教的神祇，在这里被当作佛教的护法神，如差遣非人的“非人”，藏语称“玛摩”，就是苯教中的一种凶神。这三部的修法次第与密宗四部（事部、行部、瑜伽部、无上瑜伽部）中的“行部”世间曼陀罗相同。
宁玛派有深厚的传统基础，在长期处于落后愚昧而无力的群众中，有广泛的市场。它的教法中保留了许多原始的，以至野蛮的因素，尤以血祭中用人体器官为最甚。他们不时受到其它教派的反对，但更经常的是得到统治集团的支持。元朝统一西藏以后，宁玛派被朝廷承认，并受到优待。13世纪宁玛派僧人释迦沃，通过官员把一部“伏藏”经典——“才曲”，献给元世祖，忽必烈赐以仅次于帝师的“拔希”（即法师）称号。稍后，另一宁玛派僧人雍敦巴（1284—1365）来到北京，朝廷给以优礼，并派他到一个甘旱地方求雨。还有一个桑结扎，也曾进京，元帝赐给他大量土地。
宁玛派在藏地特别受到有权势的格鲁派（黄教）的支持。五世**阿旺罗桑嘉措（1617—1682）本人兼修宁玛派教法，并撰有这方面的著作。他的弟子白玛仁增（1625—1697），还专程前往宁玛派的佐钦寺朝访，该寺把白玛仁增作为第一世佐钦活佛。此后，一些掌权人物如罗鼐等，继续支持宁玛派，有的也在修习黄教教法之外，兼修宁玛派教法。
二、噶当派
噶当派是以所传教法的特征命名的。“噶”意为佛语，即佛的言教，“当”为教诫、教授，两字合在一起指佛的一切言教，包括显密经典，都是佛徒全部生活中必须遵循的原则。其教法渊源于阿底峡，但创始人则是阿底峡的著名弟子仲敦巴。
仲敦巴（1005—1064），出生在堆垅（拉萨以西）的富豪家庭，幼年在许（郎县）学藏文，后迁居康区，拜赛尊为师学佛。1045年初，至布让正遇拟邀请的阿底峡，后与来迎阿的卫藏僧侣代表一起，经后藏贝塘抵拉萨。自此一直追随阿底峡。1056年，阿底峡死后的第二年，仲敦巴接受藏北当雄一带地方头人的邀请，前往热振传教，并建立了热振寺，以此为中心，噶当派逐步发展壮大起来。
仲敦巴一直是在家居士。随他学经的僧人有5、60人。他死后，热振寺的堪布由阿底峡的另一弟子南交钦波（1015—1078）继任，扩建了寺院。再传之后，才由仲敦巴的弟子博多哇（1031—1105）担任堪布。博多哇和仲敦巴的另一弟子京俄巴分别收徒传教，由此分成噶当派的两个支系，即教典派和教授派。
教典派强调佛教经典的地位，重视对佛籍的学习，由此而得名。博多哇在未担任热振寺堪布以前，门徒已有千余人。后来他离开热振寺，另建博多寺，使噶当派的声势在卫藏地区大加发扬。
博多哇门下以朗日塘巴（1054—1123）和夏尔哇巴（1070—1141）最有影响，都着重于讲经传教，前者有徒2 千多人，后者有弟子3600人。夏尔哇巴弟子中的甲·怯喀巴和董敦，又分建寺院，在教典派内形成两个系统。
甲·怯喀巴（1101—1175）在拉萨附近的墨竹建怯喀寺，并任堪布，死后，由赛·基布巴继任。赛·基布巴（1121—1189），于1164年左右又建基布寺（又称新怯喀寺），任两寺堪布。死后由拉·隆格旺秋继任。
拉·隆格旺秋（1158—1232）出身于吐蕃王室的后裔雅隆觉卧家族，自此开始，怯喀和基布两寺的堪布都由代表封建地方势力的这一家族成员担任。拉·隆格旺秋曾向1204年进藏的喀且班钦·释迦室科学习佛法。据说喀且班钦是印度那烂陀寺的最后一任寺主，他带来了“说一切有部”戒律，使四部戒律，（说一切有部、大众部、犊子部、上座部）在西藏佛教中得以齐备，此后继任两寺堪布的是拉·卓微衮波（1186—1259），本名绛曲沃，在任两寺堪布期间，凭借自己的宗教影响和本家族的政治经济实力，兼并了许多寺院及其属民，在13世纪初，形成了一个与雅隆觉卧地方势力关系密切的寺院集团。此后的四任堪布都属雅隆觉卧家族，直到1377年。这个家族同萨迦派的关系也很密切，在13世纪后半叶萨迦和止贡噶举的纷争中，怯喀寺、基布寺系统就是和萨迦派联合，一起反对止贡噶举的。
夏尔哇巴的另一弟子董敦（1106—1166），在纳塘讲经传教12年，1153年创建纳塘寺，以此为中心，发展成为纳塘寺系统。这一系统由传授喀且班钦所传律学而著名。13世纪晚期，纳塘寺僧迥丹惹迟，将该寺所藏藏译佛经编订为《甘珠尔》、《丹珠尔》，当是编纂藏文大藏经之始。
噶当派的教授派以注重师长指点教授下的实修而得名。也分为两个系统：一是京俄巴系统：一是内邬素巴系统。
京俄巴20岁时在热振寺从学于仲敦巴，得受某些秘密传授的佛法。他着重提倡念咒、供佛和静修，这也是教授派的显著特点。
京俄巴的弟子甲域哇钦波（1075—1138），是甲域寺（在隆子县境）的创建者。有徒2 千多，其中藏巴仁波且担任洛寺（京俄巴建）和甲域寺的堪布，冲协仁波且创建岗岗寺，2人均传承京俄巴的教法。
教授派的另一系大师内邬素巴（1042—1118）是热振寺第三任堪布衮巴哇的弟子。他在倡导修定的同时，也注重经典研习，且能替人看病。他有两个著名弟子，其中皆贡钦波创建仁钦岗寺，绛曲格哉常住达坚寺，他们都以传承内邬素巴教授的修持和密法为主。
以上就是教授派的两个系统（京俄巴、内邬素巴）和四个传承（甲域、岗岗、仁钦岗、达坚）。
噶当派的主要寺院是拉萨以南、聂当以东的桑浦寺，1073年由阿底峡的弟子俄·雷必喜饶创建，原名内邬托寺。以提倡因明和辩论而著名。俄·雷必喜饶被称为大俄译师，幼年出家，后到康区向赛尊学佛法。1045年，他同枯敦·尊追雍仲等回到前藏，在拉萨附近建立扎纳寺，讲经传教。当阿底峡来前藏时，他也追随学法。他对仲敦巴十分敬重，曾多次去热振寺求教。他翻译和修订过不少有关因明的著作。死后，其侄子俄·罗丹喜饶（1059—1109）继任桑浦寺堪布。
俄·罗丹喜饶曾与两译师到阿里参加“火龙年法会”，后去克什米尔留学17年，约在1093年返藏。又到尼泊尔学密教。他翻译了许多佛典和因明论著，西藏大藏经中有他译出的经论40余部，人称小俄译师。他常在拉萨、桑耶一带讲经，特别讲授他翻译的因明著作《量庄严论》、《量决定论》、《量决定论疏》和“慈氏五论”中的《现观庄严论》等。有弟子2万8千多，涌现出大批在佛学方面很有成就的人才。此后还出现了小俄译师的活佛转世系统，转世寺院是昌都查雅的马贡寺，但不知发端于何时。
小俄译师的弟子中，以卓垅巴的成就最大。他为许多显密经论作注疏，其中根据阿底峡的《菩提道灯论》写成《教次第广论》和《道次第广论》，阐扬噶当派的教义，为后来宗喀巴撰写《菩提道次第广论》提供了蓝本。
恰巴却吉僧格（1109—1169）是桑浦寺第六任堪布，著有《量决定论广注》、《量论摄义颂》及其自释。他写的《量论释义》，被称为西藏因明入门书之祖，提供了学习因明的独特方法，促使因明学更加兴盛。据说西藏佛教各派学经，普遍采用辩论的方式，就是从这时开始的。
在桑浦寺极盛时期，西藏佛教各派僧人常来这里学习，成为讲授因明的重要据点。大小俄译师所传的因明被称作“新因明”。此外，以《现观庄严论》及其注疏为主的般若学、以《入中论》及其注疏为主的中观学，也多由桑浦寺传播发展开来。它在西藏佛教史上起过重要作用。
桑浦寺在恰巴却吉僧格以后，分为上下两院。在萨迦派掌握地方政权时，有几个扎仓曾被萨迦派收管。15世纪格鲁派兴起后，该寺与噶当派其它寺院一起并入格鲁派。
噶当派以修习显宗为主，所习经典为《大乘经庄严论》、《菩萨地》、《集菩萨学论》、《入菩提行论》、《本生鬘论》和《集法句论》，称为“噶当六论”；加上阿底峡的《菩提道灯论》，又称“噶当七论”。此后还增加了“慈氏五论”和龙树的“六如理聚”。它特别强调佛徒的修习次第，认为应该先学显宗后学密宗，并且只有对少数有“根器”的人授以密宗。主张显密二宗不应当相互攻讦，而应相互补充。
噶当派的密宗修习以《真实摄经》为指导，此经属于密宗四部中仍以显宗教义为基础的瑜伽部，和萨迦、噶举等派推崇无上瑜伽密有所不同，又与宁玛派大量吸收苯教成分有很大差别。一般认为，噶当派的显密教法被认为是比较“纯净”的。
噶当派比较正统，与汉地佛教一样，既重“观”，也重“行”。所谓“观”，相当于哲学世界观，“行”指修持实践。阿底峡讲“观”的书有《入二谛论》和《中观教授论》，讲“行”的书有《摄行炬论》和《发菩提心论》，《菩提道灯论》则为噶当派全部教法提供了概括性的依据。
《菩提道灯论》把众生分成三类：一类曰“下士”，他们不求解脱，只求今生“利乐”，属“人天乘”；第二类为“中士”，这类人只求个人解脱，不想普度众生，属于“小乘”；第三类是“上士”，他们自求解脱，也救度众生，属于“大乘”。与此相应的修行次第也分下中上，合称“三士道”。学者从学“三士道”，必须先求名师，依照师长指导，再去身体力行，否则难免误入歧途。有了这个先决条件，就可以从“下士道”依次修起。
“下士道”要求学者认识有生即有死，按业报法则，轮回无已。为了避免死后堕入“三恶趣”，求得“人”、“天”福报，就要皈依“三宝”，努力做止恶行善的事。即所谓“下士勤方便，恒求自身乐”。
“中士道”要学者认识修待“下士道”，虽然能求得世间乐，但不能超脱流转苦，为了从世间诸苦中彻底解脱出来，就要遵循师长指导，进一步修持佛教规定的戒、定、慧“三学”，达到涅槃境界。是谓“中士求灭苦，非乐苦依故”。
“上士道”要求学者发“大慈悲心”，决心自利利他，修“菩提行”，实践布施等“六度”。这样，既可度己成佛，又可度人永离诸苦，这才是大乐。故曰“上士恒勤求，自苦他安乐，及他苦永灭，以他为己故”。
“三士道”把“人天乘”列进佛教教法，意味着沸教已自觉地将社会的道德教化列为自己的职责范围，这一思想不是始于阿底峡，而是8至9世纪间的唐宗密。但整个说来，“三士道”均属显宗的教法，地位远不如密教为高。因此，《灯论》的最后部分就是论述密宗的修习，它划密宗经典为作部、行部、瑜伽部和无上瑜伽部四部，强调了先显后密的修习次第。《灯论》为噶当派确立了思想基础，也确定了西藏佛教以实修为主的精神。
噶当派在11至12世纪的200年中得到很大发展，尤以僧徒众多，寺院广布而著称。13世纪中叶，领兵进藏的蒙古将军多达那布在给阔端汗的信中谈到：“在边地西藏，僧伽组织以噶当派最大”。他们与地方割据势力结合在一起，曾形成相当规模的寺院集团，尽管并没有实际掌握过世俗政权。
西藏佛教请教派普遍受到噶当教法的影响。噶举派的初祖玛尔巴曾从阿底峡听闻教授。达波噶举的达波拉杰先从贾云答学习噶当教法，后来又从米拉日巴学习大手印，他所传的教法，是噶当教法与大手印合修的教授。此外，噶举派的帕木竹巴、枳贡世间估、达城塘巴钦波、噶玛知三世等，都学过噶当教法。萨迦派的四祖庆喜幢曾从内邬素巴的弟子吉沃雷巴学习噶当教授，他的著作中所说的大乘共道的修法，即渊源于噶当派。
15世纪格鲁派按噶当派的教义发展起来，原属噶当派的寺院都变成了黄教寺院，噶当派不复存在，而黄教则被称为新噶当派。
三、萨迦派
萨迦派由贡却杰布创始于11世纪70年代。贡却杰布（宝王，1034—1102），自称是吐蕃贵族昆氏家族的后裔，亦名昆·贡却杰布。
萨迦派的主要教法渊源于卓弥译师，卓弥曾到印度学法多年，回藏后，修建牛古城寺，收徒传法，着重阐扬“道果”教授。贡却杰布以在家居士身份，用许多黄金向卓弥学法。他和他的家族原来都是宁玛派信徒，修持旧派密咒法，从卓弥改学“道果”。1073年，他在后藏萨迦地方建造萨迦寺，遂成为此派创建的标志。
贡却杰布在西藏佛教诸派中是第一个直接以世俗贵族身份成为教主的，他还决定法位的传承只能限在本家族内部，从而使政教二权都集中在一个家族之手。
贡却杰布死时，其子贡噶宁布（庆喜藏，1092—1158）方10岁，寺院暂由巴日仁波且代管。贡噶宁布努力学习佛教知识，成年后继教主位，并建立了完整的“道果教授”，使之成为该派的核心教法，萨迦派势力由此得到很大扩充，他被尊为“萨钦”（萨迦大师），列为“萨迦五祖”之首。
“萨迦二祖”是贡噶宁布的次子索南则摩（福顶，1142—1182），幼年从父学萨迦教法，后又向噶当派桑浦寺洽巴却吉僧格学习中观、因明及各种显密教法。1172年，把法位传给他的弟弟扎巴坚赞，自己去曲弥寺讲经修证。扎巴坚赞（1147—1216），是“萨迦三祖”。幼年从月幢大师受梵行五戒，学习佛法，据说11岁时就能进行教义的答辩。到“萨迦四祖”贡噶坚赞（庆喜幢，1182—1251），萨迦派开始了突变性的发展。
贡噶坚赞是扎巴坚赞的侄子，自幼随伯父学习祖传萨迦显密经典教法，并习因明等大小“五明”。年27，从喀且班钦释迦室利受比丘戒。除萨迦教法外，他对噶当派、希解派的教法也很精通。著有《正理宝藏论》、《分别三律仪论》等。他写的哲理性文学著作《萨迦格言》，在藏族文学史上有极高的声誉。此外他还通晓梵文和祝夏语（祝夏即唐称的勃律）。因为他很有学识，被尊为“班智达”，在他名字前常冠以“萨班”，意为萨迦班智达。据说曾有6名南印外道来藏，在基仲地方同萨迦辩论13天，最后失败，皈信佛法，宗萨迦教法。因此有萨班“美声令誉，遍于大地”之说。
萨班时期的萨迦派，以“教政合一”的形式，直接控制着当地政治、经济和宗教、文化，成为卫藏地区最强大的实力集团。正值此时，蒙古族军事力量开始西征。
据传，1206年，成吉思汗率兵到达青海柴达木盆地，曾写信给“三祖”扎巴坚赞，表示愿意皈依佛法，由此揭开了蒙藏关系的新篇章。13世纪40年代，蒙古统治者着手进军西藏。
成吉思汗之孙太宗窝阔台的二子阔端，领兵驻扎凉州。1240年，大将达尔汗台吉多达那布领兵抵达藏北热振寺一带。他了解到西藏各地封建割据势力同佛教诸派紧密结合的特点，认为与其单靠武力统治，不如选用势力最强的教派协同治理。于是向阔端建议与萨迦派通好，扶植萨迦派的发展，被阔端采纳，于是在1244年写信给萨班，请他赴凉州晤面。1245年，萨班派他的两个侄子——10岁的八思巴和6岁的恰那多吉先赴凉州，他和卫藏地区各种势力交换意见后，于1246年到达，次年与阔端晤面，并为阔端治好了病，深得阔端信服。经双方磋商，议定了西藏归顺蒙古的条件，由萨班给卫藏各僧俗地方势力写信，劝说他们一起归顺，这就是著名的《萨迦班强巴贝邀请，经亚东进藏，弘传佛教戒律，由此形成了喀且班钦戒律传承。智达致乌斯、藏、纳里僧俗诸首领书》，信中详述了归顺与否对于佛法和世俗权力的利害关系，以及西藏地方行政制度、派官设治、缴纳贡赋、萨迦与其他官员僧俗共管西藏事务等意见，奠定了1279年以后元朝中央对西藏地方行使行政管理的基础。萨迦派由此也取得了卫藏地区在政治和宗教上的领袖地位。
据传，萨班在凉州也曾讲经说法，被分别译成蒙古、畏兀儿、汉语和当地藏语。他还用古畏兀儿文的字母字形，创制了蒙文字母。佛教和以佛教为载体的文化，由萨班开始向蒙古流传，八思巴继承并大大开拓了这一事业。
八思巴（1235—1280）意谓圣者、神童，是人们对他的尊称，原名罗追坚赞（慧幢），是“萨迦五祖”。史书中说他“幼而颖悟，长博闻思，学富五明，淹贯三藏”。1252年，忽必烈南征大理，招降吐蕃，翌年，召见八思巴，留在身边，并从受密教灌顶。1255年，奉命回藏受比丘戒，尔后回到忽必烈驻地（后之“上都”，今内蒙古正蓝旗境），1258年，忽必烈奉蒙哥汗勅主持佛道二家优劣之辩，佛方17人由八思巴为首，道方自认失败，道士落发，道观改为僧寺。1260年，忽必烈即蒙古大汗位，封八思巴为国师，赐象征权力的“玉印”，由此开创了元朝历代帝王任命帝师的作法。1264年，忽必烈迁都燕京，在中央设置总制院，掌管全国佛教事务和西藏地方行政事务，命八思巴国师兼领总制院事，协助中央对西藏的管理。具体规定，西藏行政事务由“本钦”总管，宗教事务由“国师”掌管；但国师对任命“本钦”有建议权。八思巴推荐释迦桑波为第一任本钦，由元世祖任命，并赐“卫藏三路军民万户”印，从此确立了西藏地方由中央掌管的制度和机构，也体现了中央政府对西藏直接管辖的完全主权。
至元六年（1269年），八思巴奉忽必烈之命创制“蒙古新字”成功。新字仿照藏文字母，共41个，可拼成千余音节。同年，诏令颁行，规定凡诏书及官方公文，一律改用新字，兼以各族通用文字。次年被加封为帝师。1276年，八思巴回到萨迦，请求朝廷免除西藏寺院一切捐税负担，驿使和官兵不得沿途住宿寺院。这些请求由朝廷批准，作为规定一直延续下来。1280年，八思巴去世，忽必烈赐号“皇天之下一人之上开教宣文辅治大圣至德普觉真智佑国如意大宝法王西天佛子大元帝师”。
在元朝中央的大力支持下，萨迦派的政治、经济力量和社会影响空前加强，成为西藏居领导地位的教派。八思巴的家族和萨迦派教徒倍受朝廷重用，受封为帝师的有十余人，被封为王、司空、国公和各级官吏的更多。以八思巴叔侄为代表的萨迦派上层同元朝的关系，是统治阶级内部上下级的隶属关系，都是从各自的政治、经济利益出发考虑的。但他们的活动在客观上顺应了各民族共同缔造自己国家的历史潮流，延续和发展了西藏自古以来同中央政权的隶属关系，密切了汉藏蒙和新疆、青海诸民族间的联系，推动了经济文化交流，具有重大的历史意义。内地的印刷术、造船、建筑等技术先后传入西藏，西藏的佛像雕塑、造塔、工艺等技术也传入内地。民间的往来日益频繁起来。
自14世纪上半叶，元朝开始衰落，萨迦派失去了中央政权的强大支持，卫藏地区新的教派和封建集团崛起，加上内部纷争，萨迦派逐渐式微，仅保持法王的称号和官衔。1354年，帕木竹巴绛曲坚赞消灭了萨迦地方政权，取其辖地。
从此，萨迦派政治失势，逐渐向纯宗教领域复归。
萨迦派教义以“道果法”为核心，认为只要断除“烦恼”，获得“一切智”，就是达到“涅槃”之“果”。按照这一基本思想修持，形成三个次第，即：“首应破非福，次则破我执，后除一切见，知此则为智”。
“首应破非福”。“非福”，指死后要得恶报的那类“坏事”，修法者首先要把“非福”抛掉，决心不做恶业，专行“好事”。由此求得来生“三善趣”（即人、天、阿修罗）的果报。
“次则破我执”。“我执”，指关于“我”和实体实有的观念，这种观念被认为是一切苦恼的根源，必须破除，才能超脱。因此，要求修行者证悟诸法“皆非实有”、“一切皆空”的道理，由“无我”之空慧彻底断除“我执”，从而摆脱“轮回”之苦。
“后除一切见”。这里的“一切见”，既指非佛教的认识，也指佛教自称的“正见”。那种认为宇宙万物一切实有的见解，叫做“常见”，固然应该破除；但认为“一切皆空”，甚至心识、涅槃、因果报应、善恶等也是当真空无所有，叫做“断见”，同样应该破除。如果修行者除掉“断、常”二见，就能获得“一切智”，成为“智者”，即真正悟到佛法的人。
萨迦派的全盛期，在蒙古、汉地、康区、安多和卫藏各地都建有寺院。随着它的衰落，在外地的寺院也相继破败。保存下来的唯有四川德格的贡钦寺为最著名。它本名伦珠顶寺，是第四十一代德格士司坚巴彭措时所建，他的长子任寺主，次子继承土司，形成制度，政教大权世代由德格土司统一掌握，所以没有活佛。1550年，该寺建成印经院，影响扩大。此外，艾旺却丹寺于1429年建在纳塘和夏鲁之间的俄尔地方，故又名俄尔寺，是萨迦派在后藏传播密宗的重要场所。多吉丹寺，1464年建在山南贡噶以东，也以传播萨迦密法为主。在萨迦以西拉孜以南有名叫图丹根培寺的，也属萨迦派所有。
萨迦派亦称花教，是因为它的一个支派俄尔派寺院把垣墙涂以红、白、青三色而得名。
四、噶举派
噶举派，是一个注重口传的教派。“噶”，在这里特指师长的言教；“举”，意为传承，合译作“口传”。此派尤重密法修炼，强调师徒口耳相传，所以称为“噶举派”。此派远祖玛尔巴、米拉日巴等人修法财穿白色僧衣、僧裙，故又称“白教”。
噶举派形成于11世纪中叶。支系众多，教法复杂，是它的特点之一。它原有两个传承：一是香巴噶举，一是达波噶举。它们的密法均来自印度，前者到14、15世纪即已泯灭无闻，后者一直传流下来。通常所说的噶举派就是指达波噶举而言。此系的创始人达波拉杰，本名索南仁钦，其教法渊于玛尔巴和米拉日巴。
玛尔巴（1012—1097），本名却吉罗追，出生于西藏山南洛扎县的一个富有家庭。15岁时向卓弥泽师习梵文；成年后三次赴印，四次去尼泊尔，主要学修“时轮金刚法”、“欢喜金刚法”、“大手印”等密教教法。回藏后授徒传法，独成一系，后传给弟子米拉日巴。
米拉日巴（1040—1123），出生于后藏贡塘（吉隆县北），原属琼波家族的米拉氏家，以耕田、经商和行医为业，家道富有。7岁丧父，家产被伯父霸占，据说，米拉日巴为了复仇，学会“黑巫术”（苯教巫术），咒杀了他的伯父一家15人，祭起冰雹打毁全村庄稼。后来为了涤除“恶业”，皈依佛教。
先学宁玛派的“大圆满法”，年38拜玛尔巴为师，45岁开始收徒传法。他用演唱道歌的方式传教，通俗易懂，受人欢迎，所著《道歌集》，在藏族文学史上有一定地位。他有很多门徒，其中最著名的就是达波拉杰。
达波拉杰（意为达波地方的医生），于1121年创建岗波寺，又称岗巴波，后成为达波噶举的祖寺。他原是噶当派门徒，32岁从米拉日巴改学噶举派教法，受金刚亥母灌顶，遂以“大手印”为主，形成自己的体系。他的门下有四大弟子，在卫藏地区分别建寺收徒，形成四大支系，即噶玛噶举、蔡巴噶举、拔戎噶举、帕竹噶举，其中帕竹噶举又分出八个小系，总称“四大八小”。 1.噶玛噶举
创始人都松钦巴（1110—1193），意为知三世，本名却吉扎巴，出生于康区哲雪地方一个封建主家庭，年16出家，19岁到前藏学佛。先学噶当派教法，后拜达波拉杰为师，更学萨迦、宁玛派教法，最后确定以“大手印”和“拙火定”作为本派主要教法。1147年，在昌都类乌齐附近建噶玛丹萨寺，噶玛噶举由此得名。1187年，他又在拉萨西北堆城建粗卜寺，后成为该派主寺。
噶玛噶举在西藏佛教各派中率先采用活佛转世相承制，先后建立过若干活佛转世系统，其中影响较大的是黑帽系和红帽系。
黑帽系的实际创始人是噶玛拔希（1204—1283），本名却吉喇嘛，或称为“祝钦”，意为大成就者，传说是仅次于莲华生的有大“神通”者，出生在康区哲拢的哉波乌家族。初从学于都松钦巴的再传弟子崩扎巴，后到粗卜寺出家，回归康区即收徒传法，门徒500多。1253年，忽必烈南征大理，路过康区，在召见八思巴随同对，召请噶玛拔希于川西北绒域色部会晤。噶玛拔希不愿追随忽必烈，便到灵州（宁夏灵武）和甘州（甘肃张掖）一带传教，并于宁夏、内蒙交界处建立吹囊朱必拉康寺。1256年，他应召在和林会见了蒙哥汗，蒙哥赐他金边黑色僧帽一顶，金印一颗，由是得称“黑帽派”。蒙哥死后，1260年忽必烈自称大汗，与其弟阿里不哥展开了争夺汗位的战争，次年，阿里不哥战败。噶玛拔希因曾帮助阿里不哥而被忽必烈投入监狱，继之流放至盖乌曲地方，1264年获释。在返藏途中，依然讲经传教，历时8年回到粗卜寺。
黑帽系奉部松钦巴为初祖，噶玛拔希为二祖。第三世活佛攘琼多吉（1284—1339），后藏贡塘人，先后学过噶玛噶举、宁玛、希解等派密教，在桑浦寺学显宗多种经论。后到康区类乌齐附近建噶玛拉登寺，在前藏修建德钦登寺，并在萨迦、江孜一带传教。1332年受诏入京，为元宁宗和皇后行密教灌顶，1338年又应元顺帝之召进京，后死于此。
四世活佛乳必多吉（1340—1383），生于工布地区一个农奴主家庭，主要活动于塔布、工布地区，受到帕木竹巴地方统治者和政权的建立者绎曲坚赞的信任。1358年应元顺帝之召动身赴京，路经青海宗喀时，为刚满三岁的宗喀巴授五戒。1360年至大都，给顺帝父子授“金刚亥母”灌顶，讲《那饶六法》，传密教中专指男女双身修法的“方便道”，为太子讲一些显密经论；还给在京的蒙、汉、畏、西夏、高丽等各族上层人物传法。1364年启程返藏，后回到粗卜寺，此时以黑帽系为代表的噶玛派，在甘、青、康、藏已有很大势力。元灭之后，明太祖派人召请藏族僧俗领袖进京，乳必多吉也在被请之列。1374年，他开始遣使去南京朝觐。
第五世活佛得银协巴（1383—1415），本名却贝桑布，《明史》称哈立麻。7岁出家，18岁到昌都的馆觉、类乌齐一带传教，20岁在工布地区的则拉岗受比丘戒。1406年应召，经西康到南京，明成祖在华盖殿宴请。次年春，受命在灵谷寺为太祖帝后“荐福”，设普度大斋，成祖赐以“如来”名号，并封为“万行具足十方最胜圆觉妙智慧善普应佑国演教如来大宝法王西天大善自在佛领天下释教”，简称“大宝法王”。后，成祖又命他在五台山为新故皇后“荐福”。1408年返藏。他的弟子数人先后被封为国师、大国师。
得银协巴受封为大宝法王以后，这个封号就为黑帽系历代活佛所承袭，并按期进京朝贡。明成祖时还设大乘法王、大慈法王，但仍以大宝法王的地位为最荣贵。明代之所以看重噶玛噶举派，主要因为他们与康藏地方势力的联系密切，影响较大，而噶玛噶举自身并没有掌握地方政权。元朝封西藏十三万户，没有一个万户是属于他们的。《明史》称他们为“游僧”，这大概反映了此派领袖人物周游各地传教授徒，调解地方争端，联系地方势力广泛的特点。
15到16世纪的四代活佛（六一九世）与中央政权继续保持联系，同蒙古的统治集团也有书信往来，九世活佛旺秋多吉（1556—1603）还加强了同云南丽江纳西族木土司的联系。十世活佛却英多吉（1604—1674）的一生，处于明清两代武装交替，蒙藏地方势力互相纠葛，卫藏地区权势斗争剧烈的时代。他在少年期间，曾两次派人向明万历帝朝贡，又两次去蒙古地区传教，同蒙族领袖建立联系。后来又和控制西藏地方政权（1618—1642）的第悉藏巴建立关系，赞同第悉藏巴·彭措南杰称“王”，由此得到蒙古喀尔喀部却图汗和察哈尔部林丹汗的支持，一时噶玛噶举处在有利形势。但不久林丹汗病死，支持黄教的和硕特部固始汗由新疆进青海杀死却图汗，并于1642年发兵入藏，消灭了第悉藏巴，使黄教得势，却英多吉处于困境。后经四世班禅罗桑却吉坚赞调解，噶玛噶举和黄教的关系有所缓和。
清顺治十年（1653），顺治帝派人邀请却英多吉进京，他没有应召，只派人上表朝贡。十七年，顺治颁发印信，承认却英多吉在前明所承袭的宗教领袖地位。但噶玛噶举的势力已经衰落下去，此后一直受**喇嘛的监管。
噶玛噶举红帽系，是因为它的创始者扎巴僧格（1283—1349）曾得元帝室封以灌顶国师并赐给一顶红色僧帽而得名。
扎巴僧格原是黑帽系三世攘琼多吉的弟子，先后学过噶举派“拙火定”，噶当、觉囊派的时轮法等密法，也习显教典籍。
于1333年建成乃囊寺，成为红帽系的主寺。传到第三世活佛却欠意希（1406—1452），得到明帝赐给的封号和佛像、法器等。他曾为黑帽系五世之师，由此开始，黑、红二系互为师徒成为惯例。
从元至正十四年（1354）到明宣德十年（1435），一直是帕竹地方政权统治着卫藏大部地区。此后，仁蚌巴从这个政权中分化出来，向西占据日喀则，到明成化十七年（1481），击败帕木竹巴，形成了两大对立的地方势力。明嘉靖四十四年（1565），仁蚌巴的家臣又夺取了仁蚌巴的权力，在汉文史料中称作“藏巴汗”，到明万历四十六年（1618），控制了前后藏的绝大部分。明崇祯十五年，被固始汗所灭。西藏这个时期的教派关系，大部与这一历史背景有关。
红帽系第四世却扎意希（1453—1524），又称沙玛尔却扎巴，先后在蒙古地区和工布、前藏各地传教，后来成了仁蚌巴家族的重要谋士，仁蚌巴则大力支持红帽派的发展。1490年，却扎意希在羊八井建羊八井寺，由仁蚌巴拨给该寺谿卡和农奴，红帽系主寺随之迁到此地。
第五、六世继续同仁蚌巴和藏巴汗政权联合，同黄教及其支持者帕竹政权相对抗。六世却吉旺秋（1584—1635）与蒙古的军事力量也有密切联系，约1635年，他引进驻青海的喀尔喀部军队，自己反被杀害。由于清政府着重扶持黄教扩展，红帽系日益衰退。到第十世活佛却朱嘉措，两次勾引廓尔喀（在尼泊尔）兵入藏，于乾隆五十六年（1791）失败，畏罪自杀，清廷以叛国罪查抄了羊八井寺，勒令红帽系僧人一律改宗黄教，禁止此系活佛转世，红帽系从此断绝。
噶玛噶举派除黑帽红帽两系以外，还有德格八蚌寺的司徒活佛、乃囊寺的巴俄活佛、粗卜寺的贾曹活佛等转世系统。他们在国外也很有势力，尼泊尔、不丹、锡金、拉达克等地都有噶玛噶举的寺院。
2.蔡巴噶举
创始人向蔡巴（1123—1194），本名达玛扎，26岁出家，改名尊追扎，尽弃所学驱鬼避邪之巫术，先后受密咒教授、三摩地灌顶、制息术、拙火定等，年30，从贡巴楚臣宁波学达波拉杰密法“俱生和合法”，证得“真实义”。后得到吐蕃大论后裔、在拉萨附近的大封建主噶尔家族的支持，于1175年在蔡谿卡建蔡巴寺，得名蔡巴噶举。1187年，又在蔡巴寺附近建贡塘寺，大部分费用靠勒索和抢劫获得，向蔡巴在西藏佛教史上素以“爱械斗、善抢劫”著称，被认为是“毫无私心，一心为佛教”的表现，与帕木竹巴的多吉杰波和黄教领袖宗喀巴一起，被尊为“藏地三宝”。向蔡巴的门徒众多，分头建寺，到他的侄孙意希琼乃，兼并了吉麦（在拉萨河下游）地方的许多村寨，领有拉萨河两岸，所辖有“四部八支”之称。此后噶尔家族成了蔡巴寺和贡塘寺的寺主，直接控制了蔡巴噶举系。1268年，元世祖封寺主桑结额珠为蔡巴万户长，兼有政教两权。此后，桑结额珠之子赴京朝贡，元世祖又增加这一家族的封地，使蔡巴成了前藏地区势力强大的三大万户之一。14世纪中叶，蔡巴万户在封建主的斗争中，被帕木竹巴击败，封地被兼并，贡塘寺被焚毁，蔡巴寺变成了黄教的属寺。
3.拔戎噶举
创始人达玛旺秋，约12世纪时人，属达噶哇家族，是达波拉杰的弟子。他在后藏昂仁地区建拔戎寺，由此得拔戎噶举之称。以密教大手印法和显教大印境界为主要教法，授徒传教，自成一系，据说曾有一个叫热巴的“帝师”出在他的门下。此系堪布由家族世袭，后因家族内部纷争，致使它逐步衰败无闻。
4.帕竹噶举
创始人帕木竹巴，本名多吉杰波（1110—1170），简称帕竹，生于康区金沙江流域的哲垅乃学地方，属韦哇那盘托家族。9岁出家，19岁时从一富人入藏游学，遍习噶当、萨迦、宁玛等派教法。因他在显宗方面学有成就，人称“却擦哇”（意为热心佛教的人）。后投在达波拉杰门下，习“俱生和合法”、大印法门，并有所完善。1134年，从甲律师受比丘戒，学《戒律本论》。又从玛尔·却吉坚赞（洛穷弟子）、瓜译师、萨钦（萨迦初祖贡噶宁布）等人习密法。返康后，在蔡岗地方收徒传法。所著《噶古酿格》，阐述了他的教法。1158年，他到山南帕木竹地方建丹萨替寺，在此传法至去世。
帕竹的门徒众多，他们在康藏各地分别建寺授徒，形威八个分支，即：止贡巴仁钦贝（1143—1217）创立的止贡噶举、达垅塘巴扎希贝（1142—1210）创立的达垅噶举、林热白马多吉（1128—1188）创立的主巴噶举、格丹意希僧格（？—1207）创立的雅桑噶举、杰擦（1118—1195）和衮敦（1148—1217）兄弟创立的绰浦噶举、结贡·楚臣僧格（1140—1204）创立的修赛噶举、意希孜巴创立的叶巴噶举、玛仓·喜饶僧格创立的玛仓噶举。其中止贡巴、达城巴、主巴三个支系的经济实力雄厚，与地方封建主结合密切，所以有较大发展，其它五个支系或被兼并，或自行消亡。
帕竹系以丹萨替寺为主寺，与其它分支同时并存。1208年，山南的封建主朗拉斯家族扎巴琼乃夺取了丹萨替寺的寺主职位，帕竹噶举由此被朗氏家族把持，其传承仅限在这个家族之内。元至元五年（1268年），忽必烈封帕木竹巴为十三万户之一，万户长由寺主推荐，呈宣政院任命；后来则由寺主兼任，形成了比萨迦时期更加典型的政教合一体制。到14世纪，帕竹万户实力大增，扎巴琼乃的侄孙大司徒绛曲坚赞（1302—1364）先后用武力消灭了萨迦派地方势力，于1354年建立了帕竹地方政权，统治了卫藏的大部分。明永乐四年（1406），成祖封帕竹首领扎巴坚赞（1374—1432）为“阐化王”，朗氏家族在政治、经济、宗教上的实力达到极盛。
极盛期的帕竹政权，完善了封建庄园制度，规定“宗”为基本行政单位，相当于县，宗本由扎巴坚赞任命；对有功家臣所赐谿卡，承认为世袭领地。他还制定了一部统治农奴的法典《十六法》。
早在1351年，绎曲坚赞在泽当地方建成泽当寺，广弘显密经典，为西藏各个教派开放；专传帕竹密法的，则是丹萨替寺。帕竹地方政权的统治者，必须从任过泽当寺的寺主中 选拔，以保证宗教领袖对世俗政治的控制权。
帕竹政权在西藏统治了近百年，农奴制经济得到显著发展。1481年被它的属部仁蚌巴以武力击败，帕竹噶举随之衰落，到17世纪初完全失势。
此外，噶举派的另一传承“香巴噶举”，由琼波南交巴（意为琼波家族的瑜伽行者）创建，幼年学苯教教法，后学宁玛派大圆满法，曾多次赴印度、尼泊尔学梵文和密宗教法，晚年从名僧噶当派朗日塘巴受比丘戒。因该派寺庙多集中在香地（南木林县），故称香巴噶举。琼波南交后辈又建立甲寺和桑定寺，形成香巴噶举的两个支系。桑定寺在浪卡子县羊卓雍湖畔，寺内全为男喇嘛，唯有主持是女活佛，名多吉帕姆，是西藏佛教的唯一女活佛，地位很高。14、15世纪时，宗喀巴和克主杰师徒先后向香巴噶举僧人学法。
噶举派虽然派系复杂，但教义却大同小异，都属玛尔巴、米拉日巴的传承，以应成中观论为理论基础。它最主要的教法是所谓“大手印法”，显密兼修。它要求从“拙火定”开端，调整呼吸，使行者身不畏寒冷，不惧饥渴。由此逐步做到心住一境，不起分别，无善无恶，这就是“禅定”；然后再集中观察安住于一“境”之“心”，如果身内身外遍找不着，那就“证悟”到心非“实有”，达到了所谓“空智解脱合一”的境界，这就是“佛”。此派的显教大印重于修心，利用呼吸控制意识活动；密教大印则重修身，其最高修法是无上瑜伽密的“双身修法”。 五、其它教派
藏传佛教除五大教派（黄教后叙）外，还有一些较小的教派，也有一定影响。
1.希解派
“希解”意为“能寂”，即依靠对般若性空的认识和一系列相应的苦修，息灭苦恼根源，超脱生死流转。创始人印僧当巴桑结（？—1117），生于南印，先后在超岩寺、金刚座、祇多林等处，从50余名高僧学显密教法。他以《现观庄严论》阐述的般若学为理论基础，密教以大印法门为主，但不拘一格。先后来藏五次，在前后藏传法，弟子不计其数。他重视若行修持，弟子们都在荒山野林坟墓葬场等人迹罕至的地方长期苦修，不立寺庙，没有僧伽组织，远离社会闹市生活，更不参与政治活动。当巴桑结曾在后藏定日建过一座寺庙，并未形成他的教法中心。据说他在晚年朝拜过山西五台山。
希解派教法的传承有前、中、后三代，相当于当巴桑结在三个时期传授的三种不同教法，时间集中在12—13世纪。到14世纪，传承不明，它的一些修行方法，则为其它教派所吸收。
2.觉域派
“觉”意为“断”，指能断除人生苦恼、生死根源；“域”，指佛教说的“境”，即认识对象。此派认为，作为流转生死根源的烦恼，产生于人们对世界的误解和由此引起的爱憎；如果用佛教的智慧和慈悲，断除这一根源，就能达到涅槃境界，此种教法曰“觉域”。也有人把“觉”解之为“行”，即人的认识和思维活动。意思是说，“般若空性见”和“慈悲心”，有把错误认识转化为正确认识的功能，以此达到解脱。
觉域派也源于当巴桑结。他第三次进藏时，把觉域派教法传给交·释迦意希和雅隆·玛热色波。交·释迦意希传其侄交· 索南喇嘛，再传女弟子劳准玛，从此门徒皆为女性，这一传承被称为“摩觉”（女传觉域法）；雅隆·玛热色波所传一系皆是男性，被称为“颇觉”（男传觉域法）。这两个传承都以传授显教的般若教义为主，也有密教的内容；徒众们经常深夜到荒山野林中苦修，与希解派相似，所以命运也同希解派一样，到15世纪以后，逐渐失传。
3.觉囊派
渊源于域摩·弥觉多吉，生卒不详。据传他原是在家瑜伽行者，出家后改名台巴杰波，曾跟多人学时轮金刚和集密等密法，立“他空”义，著书加以申述。五传弟子突结尊追（1243—1313）建觉摩囊寺（在日喀则西拉孜县东北），因此得名。再传弟子凯尊云丹嘉措（1206—1327），专学时轮金刚，曾到过北京。由于他的弟子笃补巴（1290—1361）的努力，觉囊派才开始兴盛起来。
笃补巴原名喜饶坚赞，生于笃补的班仓家族，幼年随吉顿绛央巴叔侄学《现观庄严论》、《入中论》、《俱舍论》、《量决定论》等显教四论，兼习金刚鬘等密法，特别是熟谙热泽师传的时轮金刚法。此后，曾到萨迦寺讲授显宗四大论及噶当派常习的《入菩提行论》，受到萨迦派上层宗派主义的排斥，便离开萨迦寺，到前后藏各大寺庙云游。1321年到觉囊寺，从凯尊云丹嘉措习《时轮金刚无垢光疏》及其教授，1324年继任寺主。撰有《了义海》、《第四结集》等阐发觉囊派关于“他空义”的教义，此外尚有《究竟一乘宝性论注》、《现观庄严论注》、《佛教总释》、关于《时轮金刚无垢光疏》的注释和摄义等密教和历算方面的著作。他建造的大佛塔哀本通卓钦摩相当著名。
笃补巴的弟子据说有2000余，其中乔列南杰（广胜，1306—1386），又称博东巴，系阿里人，自幼到前藏学法，曾在却廓林寺习般若、因明等显教经论，后历游前后藏辩场，成为有名学者。后遇笃补巴，认为本师，从学时轮金刚的讲解、灌项及其秘密教授，颇有成就。笃补巴的另一弟子绛巴代完巴，“代完”二字是元赐“大元国师”封号的一部分，相当于“大元”；“绛”指拉堆绛，可能是拉维绛万户长家的成员。他在绛地建昂仁寺，后由乔列南杰任寺座主，并教授般若、因明等显教经论，徒众亦多。1354年乔列南杰将座主传给丹必坚赞，自己任觉囊寺座主，1359年再次退位，到前藏蔡巴寺和雅隆昌珠寺传法。此后，党囊派逐渐消沉，直到16、17世纪出现了多罗那它（1575—1634）。
约在16世纪晚期，觉囊派开始实行活佛转世制度，多罗那它就是转世承袭的活佛。多罗那它原名贡噶宁波，卫藏交界处的喀热琼尊人，相传是嘉译师的后裔。幼年在觉囊寺学经，后游学卫藏，广习显密教法，年30受比丘戒。1608年写成《印度佛教史》，材料来源于西路进藏印度人的口述，着重记述印度佛教晚期的历史，史料价值很高，现有汉文、外文译本多种，在印度有相当影响。此外还有若干阐扬本宗教义的著述。
觉囊派世受拉堆绛地方（后藏昂仁）首领的支持，16世纪晚期，拉堆绛地方势力衰落，觉囊派又得到第悉藏巴汗的支持。17世纪早期，藏巴汗的势力正盛，1612年，丹迥旺波之父彭措南杰武力统一后藏，1618年又控制前藏，使觉囊派出现了再度兴旺的局面。1614 年，多罗那它在觉囊寺附近建达丹彭措林寺，势力明显扩大。
藏巴汗强大的声势，进一步强化了与漠北蒙古的联系。尽管外蒙已早有萨迦派寺院和传经喇嘛，喀尔喀部汗王依然派使赴藏邀请喇嘛前往传教。明万历四十三年（1615）左右，藏巴汗同意派遣多罗那它去蒙古。行前，据说四世**赠给他“迈达理”（意为慈氏）的称号，因此蒙古人称他为“迈达理活佛”。到达漠北后，常驻库伦传法，前后约20年，建了不少寺庙，深得蒙古汗王的信奉，被尊称“哲布尊丹巴”，意为“尊胜”；蒙语称作“ 谒都尔格根”，意为“高位光明者”。1635年，即多罗那它死后第二年，蒙古土谢图汗适得一子，即以此子为多罗那它的转世，从此建立了外蒙古佛教哲布尊丹巴活沸的转世系统。1649年，第一世哲布尊丹巴进藏学经。此时，清廷正大力支持黄教发展，五世**已接受顺治封号，势力大盛。所以当一世哲布尊丹巴学毕将回蒙古时，五世**要求他必须改信黄教，否则不承认他的活佛地位，不允许他回蒙古。这个条件被接受了，由此开始，漠北蒙古的佛教首领均信奉黄教。
**喇嘛对于觉囊派给予多方压迫，达丹彭措林寺改名甘丹彭措林寺，归信黄教，其它属寺也改为黄教寺庙，唯有川青交界处的一些小庙残留下来，但作为一个教派已不复存在。
觉囊派的教理是“他空义”，是藏传佛教中的一种独特见解。这种教理认为，任何事物都有它的真实体性，即至高无上、永恒不变的真谛；一般人不能把握真谛，反而在事物自性之上给以“虚妄分别”的认识，从而使对象变成了虚假的东西，般若所谓的“性空”，就是指这“虚妄分别 “而言，而不是指事物的本体。事物的“本真”叫做“自”，加在事物身上的“虚妄分别”称作“他”。因此，般若“性空”的含义只是“他空”，而不是“自空 ”。这种见解其实是说一切有部思想的延伸，但与中观学派的观点大相径庭，所以特别受到黄教的反对，甚至斥之为异端邪说。
4.郭扎派
由郭扎巴·索南坚赞（1182—1261）创始，他曾向进藏的班钦·释迦师利跋陀罗学法，后又普习各教派的显密教法，年29受比丘戒，后去罔底斯山修法5年，在江孜年楚河上游建郭扎寺。又向尼泊尔请来毗普底旃陀罗，在定日相互学习。郭扎巴曾著名一时，门徒甚众，但其学说没有得到流传。
5.夏鲁派
又称布顿派，由西藏著名佛学家布顿·仁钦朱（1290—1364）所创。
布顿（《元史》译作卜思端）早年曾学绰浦噶举、噶当、萨迦等派教法。成名后受到日喀则东南夏鲁地方封建领主的支持，任夏鲁寺座主。由于夏鲁寺同萨迦派的关系密切，也有人将它当作萨迦的一个支系。布顿有不少弟子，有的曾当过宗喀巴的老师。元顺帝曾邀他进京，但终未成行。他在两藏佛教学术史上有很高的地位，但政治上无势。
布顿的佛学知识博大精深，有不少佛学和历史著作，全集26函（德格版），约200余种。对西藏所传密教典籍重新整理，对显宗的某些经论作了注释。影响最大的是他写于1322年的《善逝教法源流》，也译作《布顿佛教史》或《佛教史大宝藏论》，有英译本。该书陈述了佛教在印度和尼泊尔传播的历史，特别是在藏族地区的发展，包括“前弘期”及“后弘期”初期的历史，还编有《甘珠尔》、《丹珠尔》的总目录，是研究西藏佛教的重要史籍。布顿还主持过那塘大藏结集的编纂工作，是藏文大藏经“丹珠尔”部目录的编纂人，后来诸种版本的《丹珠尔》，基本上都是依据他所编定的次序刻印的。
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